案例分析题某医院将院内1万m²的地块出租给B公司，该地块北部是预留的规划建设用地，东部是45米的规划道路，B公司未经行政主管批准，在该地开设大型商场，占据了原规划建设用地；当地规划部门发现后，发《停工通知书》要求B公司立即停工，听候处理，但B公司未听从，继续施工，直至工程完工。 在工程已建成情况下，应怎样处理？