现存的低等脊索动物，体内还没有坚硬的骨骼，所以至今还没有发现它们的化石祖先，这就给探索脊索动物起源问题带来了困...
A.环节动物说，该假说认为脊索动物起源于环节动物，但其不能自圆其说方面包括：脑和口的位置与脊索动物并不一样；脊索、鳃裂以及胚胎发育等方面有较大的差异
B.加斯坦和贝里尔认为：脊索动物和棘皮动物的共同祖先类似于现代半索动物的羽鳃类；这类原始尾索动物的幼体通过幼态成熟发展为头索动物和脊椎动物
C.棘皮动物说，认为脊索动物和棘皮动物来自共同的祖先；这是因为棘皮动物在发育过程中属于后口动物，同时以体腔囊法形成体腔；从幼体来看，棘皮动物的幼体（如短腕幼虫）和半索动物的幼体（柱头幼虫）极为近似
D.生化的研究材料证明棘皮动物和脊索动物的肌肉中都含有肌酸和精氨酸，表明这两类动物亲缘关系较近，另一方面也表明这类动物是处于无脊椎动物到脊椎动物的过渡
