案例分析题某施工单位承接了某项工程的总包施工任务，该工程由A、B、C、D四项工作组成，工程进展到第25周第五层结构时，公司各职能部门联合对该项目进行了突击综合大检查。 检查成本时发现：C工作，实际完成预算费用960万元，计划完成预算费用910万元；实际成本855万元，计划成本801万元。 检查现场时发现： （1）电工进行现场焊接作业时未持有效证件； （2）防护栏杆上杆离地高度为0.8～1.0m，栏杆在基坑四周固定，钢管打入地面30～50cm。工程进展到第28周第四层结构拆模后，劳务分包方作业人员直接从窗口向外乱抛垃圾造成施工现场扬尘，工程周围居民因受扬尘影响，有的找到项目经理要求停止施工.有的向有关部门投诉。 主管考评工作的建设行政主管部门对该施工现场进行了综合考评.因现场安全隐患严重，考评组下达了隐患整改通知书。

根据公司检查现场发现的问题，项目经理部应该如何进行整改？