下列情形中，纳税人应当进行土地增值税清算的有()。

南方公司为一手机生产企业，主要生产A、B、C三款手机产品。南方公司2009年度有关事项如下：
(1)南方公司管理层于2009年11月制定了一项业务重组计划。该业务重组计划的主要内容如下：从2010年1月1日起撤销C款手机在上海的手机研发总部及苏州生产厂;从事C款手机生产的员工共计150人，除部门主管及技术骨干等50人转入北京总部研发部门留用外，其他100人都将被辞退。根据被辞退员工的职位、工作年限等因素，南方公司将一次性给予被辞退员工不同标准的补偿，补偿支出共计500万元。C款手机生产线关闭之日，租用的厂房将被腾空，撤销租赁合同并将其移交给出租方，用于C款手机生产的固定资产等将转移至南方公司在天津的仓库，准备销往朝鲜某手机生产公司。上述业务重组计划已于2009年12月2日经南方公司董事会批准，并于12月3日对外公告。2009年12月31日，上述业务重组计划尚未实际实施，员工补偿及相关支出尚未支付。为了实施上述业务重组计划，南方公司预计发生以下支出或损失：因辞退员工将支付补偿款500万元，其中：自愿遣散费225万元，强制遣散费275万元;因撤销厂房租赁合同将支付违约金30万元;因将用于C产品生产的固定资产等转移至仓库将发生运输费4万元;因留用员工调入北京总部而新成立的海外研发部门招聘项目经理发生成本3万元;因推广新款手机准备邀请当红歌星做形象代言将发生广告费用2000万元。
(2)2009年11月28日，南方公司与乙公司签订不可撤销合同，约定在2010年2月15日以每部400元的价格向乙公司提供B款手机1万部，若不能按期交货，南方公司应按总价款(不含增值税额)的30%支付违约金。南方公司的B款手机无库存。2009年12月末，南方公司准备生产B款手机时，原材料价格突然上涨，预计生产B款手机的单位成本为500元。假定不考虑相干税费和销售费用。
(3)2009年6月25日，丙公司(为南方公司的子公司)向银行申请贷款3200万元，期限为3年。经董事会批准，南方公司为丙公司的上述银行贷款提供全额担保。贷款于2009年7月1日发放，还款日为每月20日。12月31日，丙公司经营状况良好，预计不存在还款困难。
要求：
(1)根据资料(1)，判断哪些是与南方公司业务重组有关的直接支出，并计算因重组义务应确认的预计负债金额。
(2)根据资料(1)，计算南方公司因业务重组计划而减少2009年度利润总额的金额，并编制相关会计分录。
(3)根据资料(2)和(3)，判断南方公司是否应当将与这些或有事项相关的义务确认为预计负债。如确认，计算预计负债的最佳估计数，并编制相关会计分录;如不确认，说明理由。